Um der Revolution ein Ende zu machen, riß Napoleon Bonaparte die Alleinherrschaft an sich und machte sich 1799 zum ersten Konsul, 1804 zum Kaiser. Doch fürchtete er sich, ein Volk ohne Religion zu regieren, und so schloß er mit dem Papst Pius VII. einen feierlichen Vertrag (Konkordat) ab. Einsam und verlassen starb Napoleon als Verbannter auf der Insel St. Helena. In Deutschland verlor die Kirche durch die Säkularisation fast alle Kirchengüter (1803). Doch Gott hörte nicht auf, die katholische Religion zu beschützen. Er gab der Kirche einen Papst, welcher mit seltenem Mute und vollster Hingebung die Sache Gottes verteidigte. Dieser war Pius IX. (1846-1878).
Unter ihm wurde am 8. Dezember 1854 das Dogma von der Unbefleckten Empfängnis Mariä erklärt, und 1869 die zwanzigste allgemeine Kirchenversammlung im Vatikan begonnen. Diese erklärte die Unfehlbarkeit des Papstes als Glaubenssatz. Leider verlor Pius IX. den Kirchenstaat, den König Viktor Emanuel 1870 für sich im Besitz nahm. Der Papst behielt nur einen kleinen Stadtteil von Rom mit dem Vatikan. Die Wühlerarbeit der geheimen Gesellschaften hat dem Papsttum das Zepter aus der Hand gerissen. Nach dem deutsch-französischen Kriege brach in Deutschland auf Anstiften Bismarcks der Kulturkampf aus. Die Bischöfe Brinkmann (Münster), Martin (Paderborn), Förster (Breslau), Blum (Limburg), wie auch die Erzbischöfe Melchers (Köln) und Graf Ledochowski (Gnesen-Posen) mussten ihre Bischofssitze verlassen; einige von ihnen wurden mit Gefängnis und Verbannung bestraft. Viele Pfarreien waren ohne Priester. Ordensleute wurden des Landes verwiesen. In den Jahren 1883-1887 wurden die sogenannten Maigesetze teilweise beseitigt. Immerhin sind der Liberalismus wie auch der Sozialismus eine fortdauernde Gefahr für die Katholiken. Zum Schutze gegen den Sozialismus gründete Windthorst den Volksverein für das katholische Deutschland (1890).
Großartig ist die Missionstätigkeit des neunzehnten Jahrhunderts. Papst Leo XIII. regte das edle Werk der Heidenbekehrung mächtig an. In allen Weltgegenden predigten Missionäre, oft unter den größten Entbehrungen und schrecklichen Verfolgungen (China). "Es ist kein Erdteil, kein Land, keine Insel, welche das liebevolle Auge des treuen Hohenpriesters unbeachtet ließ, wohin er nicht Glaubensboten entsandte." Daher die allgemeine Trauer, als Leo XIII. am 20. Juli 1903 starb. Sein nunmehr glorreich regierender Nachfolger Pius X. wendet sich hauptsächlich gegen die freie Richtung in Glaubenssachen unserer Zeit. Unter ihm vollzog sich in Frankreich die Trennung von Kirche und Staat, die Vertreibung der Ordensleute, Raub sämtlicher Kirchengüter, Entziehung des Gehaltes der Geistlichen von seiten der französischen Regierung.
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